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Ledock(分子对接软件)v1.0官方免费版

Ledock

  • 软件大小:19.33 MB
  • 软件语言:简体中文
  • 软件类型:健康医药
  • 软件授权:免费软件
  • 更新时间:2018-09-12 17:23
  • 软件类别:健康医药
  • 软件官网:
  • 应用平台:WinXP, Win7, WinAll
软件评分
网友评分:9.5

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19.33 MB
软件介绍

Ledock是一款分子对接软件,支持大规模虚拟筛选,其运行速度快,分子对接依据配体与受体作用的“锁-钥原理”,模拟小分子配体与受体生物大分子相互作用,从事相关科研工作的朋友可能会用到!
Ledock

使用方法:

软件有两个选项卡,其中LePro用于分子蛋白处理,可去除蛋白中的离子、金属、水分子等,会生成分子对接要用到的IN文件。在确定了对接参数后,可使用LeDock项目来进行分子对接。
一、蛋白准备
在LePro标签的Protein input中选择3cl0.pdb的路径(注意路径中不能含有中文),然后软件会自动在选择在该路径下生成pro.pdb(处理过后的蛋白的pdb文件)及dock.in(用于下步分子对接的参数文件),点击Add Hydrogen,上述2个文件就会立马生成。dock.in文件包括了均方根偏差(RMSD),Binding pocket及Number of binding poses。RMSD表示对接出来的构象聚类时RMSD的截断值;Binding pocket表示结合位点的3维坐标,分别为Xmin Xmax,yminymax,Zmin Zmax;Numberof binding poses表示生成的构象个数,经聚类后产生的构象数会少于之前所生成的数目。
二、分子对接
在LeDock标签的Protein input,Docking input中分别指定上一步生成的pro.pdb与dock.in文件的路径,在Ligand input中指定需要进行对接的配体——lig.mol2的路径(该路径需和前两个文件的路径相同,且对接的分子需要为mol2格式)。最后,点击Start docking,会生成Iig.dok文件(对接产生的化合物构象所在文件),该文件可用Pymol来观察化合物的构象。

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